冷库建设费用大，只有通过精心管理，才能使精良的设备产生高效益和很高的回报。否则苹果贮存损耗量大，经营亏损，固定资产的增值将无从谈起，因此，严格施行管理，科学操作是冷藏增值的关键。
1、库前的准备 和土窖洞方法管理一样，入库前要进行库体，包装物的清洗消毒工作，同时要检修设备，保障其正常运转进行。入库前1天将库温稳定到0摄氏度左右。
2、苹果的采收、运输和入库 苹果要按标准适期采收，采收要轻拿轻放，运输要轻、快，从采收到分级验收、运入库需7--8天内完成。入库时做好苹果品种、来源、质量、级别标签。
3、冷库的堆垛 冷库一般用长1.2米、.6米的木箱装果。用木箱装果贮藏量大，操作方便。果箱离库壁20厘米，离库顶1米，距风机1.2米。为了防止水分蒸发，在风机口的木箱上加盖塑料薄膜。
近年来，为了克服冷藏失水严重的问题，也有人给纸箱或塑料筐内加垫塑料薄膜，有封口有扎袋，保湿效果良好。冷库内设立支架，用塑料袋打孔贮藏具有同样的效果。
4、入库后管理 入库后管理大致分两方面，一方面按照设定的温、湿度指标，精心操作的机器设备，每天做好操作记录和库温，湿度记录。入库初期尽快消除苹果的田间热，使库温稳定在0摄氏度左右，稳定之后，又要及时消除呼吸热，使库内温度波动控制在0.5摄氏度范围内，并保证库内温度均匀一致。